El club nació en 1999 con el objetivo de mantener un bloque competitivo que hiciese que la selección universitaria de fútbol de la UCAM lograra buenos resultados en los Campeonatos de España Universitarios. También con la ilusión de propagar los valores de la Universidad mediante el deporte.

Temporada 1999/2000:

El equipo compitió en Territorial Preferente.  Realizó una temporada de excepción y logró el ascenso a Tercera División. Entonces el conjunto estaba entrenado por Juan Antonio Ros, y los partidos como local se disputaban en el Campo de Fútbol de Guadalupe.

Temporada 2000/2001:

Ya en la máxima categoría regional, los partidos como local se disputaron en el Campo de Fútbol de La Alberca. Esta temporada contaron con José Luis Torres Alfaro , y más tarde con José María Escudero Ferrer como entrenadores.  Esa temporada fue de adaptación para el equipo, que consiguió el puesto 14 de la clasificación.

Temporada 2001/2002:

En esta campaña, el equipo fue entrenado por José Ramón Herrero Pérez.  Jugó como local, otro año más, en La Alberca, y aumentó su competitividad logrando un mejor resultado que el año anterior. Consiguieron la 10ª posición de la tabla.

Temporada 2002/2003:

Durante esta temporada el UCAM CF jugó sus partidos como local en el Municipal de La Flota de Murcia. Los entrenadores que dieron forma al equipo fueron Bernabé Herráez, Salvador Escudero y Jerónimo “Calsita”. El UCAM terminó el 11º de la clasificación en una categoría que por aquél entonces estaba liderada por clubes con un fuerte potencial futbolístico como el Lorca, Águilas, Mar Menor, Yeclano, etc…

Temporada 2003/2004:

El campo donde el UCAM jugó como local continuó siendo el de la Flota. En esta etapa el UCAM CF fue entrenado por José Ramón Herrero. Tras un año con altibajos, y luchando con equipos con mucho más presupuesto, acabó en 16ª posición.

Temporada 2004/2005:

Con el equipo más joven de la competición, y con Jerónimo “Calsita” como entrenador, el UCAM CF no pudo mantener la categoría, dejando en el recuerdo a un equipo joven, universitario, que generaba simpatías por doquier y con ganas de ofrecer un fútbol de calidad.

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Historia del Costa Cálida C.F.

Temporada 2009/ 2010:

Durante esta temporada, primera en la historia del Costa Cálida C.F.,  se convierte en el club revelación del grupo XIII te Tercera División, llegando a conseguir el hito de clasificarse para los playoff de ascenso a 2ªB por delante de equipos con un mayor presupuesto y tradición en el grupo. El Cerceda C.F., del grupo I (gallego) fue el rival contra el cual quedó eliminado.

Temporada 2010/2011:

En la  temporada 2010-2011 el Costa Cálida C.F. se convierte en el campeón del grupo XIII siendo la primera vez que un club de Sangonera acababa la temporada de en lo más alto de la clasificación. El equipo jugó dos eliminatorias de ascenso, quedándose a las puertas en la última eliminatoria.  En aquellos partidos se enfrentó al campeón del grupo asturiano, el Club Marino de Luanco y el tercer clasificado del grupo castellano-leonés, la Arandina C.F.

Temporada 2011/12: Nace un nuevo equipo

En el verano del año 2011, el UCAM C.F. unió sus fuerzas con el Costa Cálida C.F. Así la Universidad Católica de Murcia presentó de forma oficial el equipo UCAM Murcia C.F., nacido de la unión de ambos equipos.

De esta manera se materializaba la sinergia entre la Universidad del Deporte y uno de los equipos de fútbol más destacados de la Región.

Temporada 2012/13: A un paso de la salvación

El equipo comenzaba una temporada ilusionante en Segunda B, pero una primera vuelta marcada por la irregularidad y la falta de fortuna en determinados encuentros puso al Universidad Católica de Murcia C.F. en una situación muy delicada. Sin embargo, la llegada de Luis García Tevenet al banquillo universitario fue un auténtico revulsivo. Tanto es así que su trabajo estuvo a punto de tener la recompensa de la salvación. Sus hombres llegaron a la última jornada con opciones de lograr la permanencia en la categoría, pero no se dio la combinación de resultados necesaria para que esto fuese una realidad.

Temporada 2013/14: Retorno a Segunda División B

En mayo de 2014, el UCAM Murcia CF materializaba su vuelta a la categoría de bronce tras una temporada brillante en el grupo XIII de Tercera División,  en la que se mantuvo líder indiscutible durante gran parte de la misma. Finalmente, la eliminatoria de campeones ante el Real Betis B concluyó con el ascenso del conjunto universitario, después de ganar por 2-1 en El Mayayo y de empatar a un gol en la ciudad deportiva Luis del Sol.

Temporada 2014/15: Equipo revelación... y en La Condomina

El Universidad Católica de Murcia CF comienza a jugar sus partidos de local en La Condomina y se convierte en uno de los clubes más peligrosos de toda la Segunda División B. Entrenado por Eloy Jiménez, y con Pedro Reverte al mando de la dirección deportiva, el equipo se sitúa líder durante casi veinte jornadas, manteniéndose además unos seis meses sin perder un partido de liga. Al final, solo el Cádiz CF fue capaz de quedar por delante de los universitarios, que disputaron la fase de ascenso a Segunda División A. Tras derrotar al Real Unión de Irún en la primera eliminatoria, el Bilbao Athletic apeó al UCAM tras vencer 1-0 en San Mamés y empatar en el estado murciano a un gol.

Temporada 2015/16: ¡A Segunda!

Los universitarios, entrenados por José María Salmerón, consiguen el ascenso a Segunda División A tras un recorrido espectacular en el que pisan puestos de playoff casi toda la temporada. Faltando tan solo un puñado de jornadas, el UCAM Murcia asalta el liderato para afrontar las eliminatorias de ascenso como campeón del grupo IV, lo que le da derecho a jugar por subir ante el Real Madrid Castilla. En la ida, resultado favorable de 2-1, por lo que el empate a 2 de la vuelta en el estadio Alfredo di Stéfano otorga al equipo azul y dorado el derecho de encaramarse a la categoría de plata. La semana siguiente, además, se convierte en campeón de 2ªB al derrotar al Reus en la tanda de penaltis del segundo partido, tras dos empates a cero goles. A todas luces, una temporada para el recuerdo.

Temporada 2016/17: Un descenso traumático

El UCAM Murcia descendió en la última jornada ante el Nàstic de Tarragona en el Nou Estadi. A los universitarios solo les valía ganar para depender de sí mismos, aunque también se salvaban si igualaban el resultado de los partidos del Alcorcón o del Almería. Pero ambos ganaron y la derrota por 1-0 ante el cuadro catalán provocó la vuelta a Segunda B.

Sin duda, fue un descenso traumático ya que en prácticamente toda la segunda vuelta el UCAM Murcia no pisó los puestos de abajo, salvo en la última jornada. Para la historia quedan la primera victoria en el fútbol profesional (0-1 al Valladolid), el primer gol (Jesús Imaz al Real Zaragoza), la goleada al Almería por 4-0, etc. 

José María Salmerón comenzó la temporada, pero en diciembre, estando el equipo en puestos de descenso, fue destituido y llegó el también almeriense Francisco Rodríguez.